El 16 de agosto del año 2006, por Acuerdo del Consejo Universitario de la UNAN Managua en su sesión 19-2006, se resuelve transformar el Centro Universitario Regional del Norte en la primera Facultad Regional Multidisciplinaria. Dentro de la estructura de Facultad figura la Secretaría cuya responsable es miembro del Consejo de Facultad. Esta unidad académica tiene como objetivo velar por un adecuado funcionamiento jurídico – organizativo en general de la Facultad, asegurando el cumplimiento de las políticas y normas de índole académica de la Universidad.se logra mediante la ejecución de actividades de control y seguimiento en la administración del currículo, de la organización de la oferta educativa y de proporcionar información cuantitativa y cualitativa de los resultados académicos del quehacer educativo, lo que permite la toma de decisiones en función de ir alcanzando los objetivos propuestos a través del diseño de estrategias acordes a la realidad de los recursos económicos y humanos con  los que se cuenta.

La transformación de CUR a Facultad Multidisciplinaria también permitió la organización de esta unidad en base a las actividades establecidas en el reglamento complementadas con aquellas que permitan dar respuesta a las demandas particulares de este Centro que se diferencia de las Facultades existentes a nivel de la UNAN Managua.

Son atribuciones, funciones y facultades de la Secretaría de Facultad:

• Asegurar las tareas y funciones del Registro Académico a través del Departamento y personal respectivo
• Asegurar conjuntamente con el Decano el adecuado funcionamiento del Consejo de Facultad desde la elaboración de la agenda y convocatoria hasta el levantamiento de las Actas y acuerdos respectivos. Igualmente dar seguimiento a dichos Acuerdos llevando un registro especial de los mismos y remitiendo copias de estos a la Secretaría General de la Universidad.
• Garantizar la política de ingreso estudiantil ejecutando las actividades correspondientes.
• Asegurar la realización de trámites relativos al movimiento y vida académica estudiantil
• Organizar su participación y gestión en la dinámica de relación con autoridades, órganos, comisiones, equipos y otras formas organizativas de la Universidad para asegurar las atribuciones que le competen.
• Conocer, tramitar y, en su caso, resolver los problemas relativos al movimiento y vida académica estudiantil incluyendo los relacionados con situaciones curriculares
• Organizar y asegurar con los respectivos Directores de Departamentos los cursos paralelos, de verano y de requisito para graduación, así como los exámenes de suficiencia y extraordinarios.
• Asegurar los trámites conducentes a la emisión y registro de los títulos a entregarse en los actos de promoción.
• Asegurar que la emisión, suscripción (y en su caso, el registro) de diplomas, certificados, constancias y otros documentos oficiales se realicen de conformidad con la Normativa de Diplomas, Certificados y Constancias.
• Emitir Certificados y Constancias académicas o de otra índole, conforme normativa.
• Asegurar la custodia de los documentos oficiales (Plan de estudios por carrera, programas de asignaturas, reglamentos, normativas, actas de calificaciones, registro académico del estudiante.  Expedientes de becarios, resoluciones, libros de actas, Ley de Autonomía de las Instituciones de Educación Superior, y otros documentos pertinentes
• Asumir provisionalmente la dirección de la Facultad (con carácter de Coordinador provisional de la Facultad) en ausencia temporal del Decano y del Vicedecano.
• Cumplir las tareas y misiones especiales encomendadas por el Decano y las asumidas dentro del equipo de Decanatura.
• Integrarse y participar activamente en las distintas comisiones y equipos de trabajo intra-facultad, interinstitucional e intra-universidad, de conformidad con la minuta de distribución racional de recursos humanos.
• Representar al Decano en la Comisión de Becas y presidir ésta.
• Impartir la docencia directa que le corresponde de acuerdo con la normativa.